Migdałki są ważnymi elementami układu odpornościowego – stanowią część tzw. układu immunologicznego organizmu. Spośród kilku skupisk tkanki tego układu rozmieszczonych w gardle, najczęściej przerostowi ulega migdałek gardłowy (tzw. trzeci) i migdałki podniebienne (tzw. boczne). Na przerost tych migdałków wpływ zasadniczy mają stany zapalenie związane z oddziaływaniem na organizm czynników zewnętrznych, takich jak: wirusy, bakterie, alergeny, substancje drażniące (w tym dym papierosowy, enzymy i kwasy obecne w gardle w chorobie refluksowej). Niekiedy przerost migdałków związany jest z chorobami ogólnoustrojowymi, które zaburzają funkcjonowanie układu odpornościowego.